Posle Ćutanja, Samuraj je nesumnjivo jedan od najboljih japanskih romana XX veka u kome Šjusaku Endo, neosetno spaja istorijske činjenice sa maštom pisca. Smešten u period progona hrišćana u Japanu, Samuraj prati putovanje prvih Japanaca koji su kročili na tlo evropskog kontinenta. Rokuemon Hasekura, niskorangirani samuraj, kreće kao izaslanik u posetu vicekralju Meksika i papi Pavlu V. Izaslanstvo kreće na put 1613, u pratnji ambicioznog franjevačkog misionara koji se nada da će u zamenu za trgovinske privilegije sa Zapadom dobiti pravo da postane biskup Japana. Njihovo naporno putovanje traje četiri godine, tokom kog Japanci putuju iz Meksika u Rim. Ubeđeni da uspeh njihovog zadatka zavisi od prihvatanja hrišćanstva, oni se pokrštavaju u Madridu. Međutim, njihov poduhvat osuđen je na propast od samog početka, a izaslanstvo se vraća u Japan u kome vlada potpuno drugačija politička klima nego u vreme njihovog odlaska: vlasti vode politiku izolacije i surovog proterivanja svih zapadnjačkih uticaja.